Fondée en 1875, en même temps que l'Université, la Bibliothèque Orientale (BO) reprend le fonds du collège - séminaire de Ghazir.

Son premier noyau est rassemblé par le P. Alexandre Bourquenoud, qui se lance dans le projet d'explorer et d'inventorier les richesses archéologiques de la région. Elle connaît un nouvel essor sous l'impulsion du P. Louis Cheikho qui en est le directeur entre 1880 et 1927. Il lui donne son nom de Bibliothèque Orientale en 1894 et l'enrichit par les disciplines de l'orientalisme et l'acquisition des manuscrits.

La création en 1898 de la revue en langue arabe, al-Machriq, et en 1906 des Mélanges de la Faculté orientale, devenus les Mélanges de l'Université Saint-Joseph, consolide les acquis. La bibliothèque est alors alimentée par les échanges avec les orientalistes européens de l'époque.

En 1914, elle n'a pas d'équivalent dans l'ensemble du Proche- Orient et, quand la Première Guerre mondiale est déclenchée et les Jésuites expulsés, ce sont les consuls d'Allemagne, d'Autriche-Hongrie et des États-Unis à Istanbul qui interviennent directement auprès du gouvernement turc pour la protection et la conservation du fonds.

Propriété de la Compagnie de Jésus et gérée par l'Université Saint-Joseph depuis 2000, la BO est une bibliothèque de recherche ouverte au public.